2006年、ツアー・オブ・ジャパンでは今年も日本の各所で熱い戦いが繰り広げられる。
全6ステージ、総走行距離713.08kmに及ぶ熾烈なバトル。
熱戦の火ぶたは2006年5月14日に、大阪で切られる。
全ステージの完走時間及びボーナスタイム、ペナルティタイムを加減した時間を合計し、最少タイムの選手を1位とし、表彰する。1位にはリーダージャージ、カップ、副賞を授与する。
富士山ステージを除く、各ステージの上位者に決められたポイントを付与し、その合計が多いものから順位を決定する。1位にはリーダージャージ、カップ、副賞を授与する。
※同得点の場合には、上位入賞数が多い者を上位とし、なおかつ同意の場合には、個人総合時間の順位により決定する。
第2、第3ステージ設定周回の頂上地点通過の上位者、第4ステージの上位者および第5ステージの設定地点通過の上位者に決められたポイントを付与し、そのポイントの合計の最も多い者から順位を決定する。1位にはリーダージャージ、カップ、副賞を授与する。
※同得点の場合には、上位入賞数が多い者を上位とし、なおかつ同意の場合には、個人総合時間の順位により決定する。
各ステージのチーム内上位者3名の完走時間を累計し、最少タイムのチームから順位を決定し、その1位を表彰する。1位のチームにはカップ、副賞を授与する。